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沉香树:基于ITS序列的沉香树分子鉴定发布日期:2019-01-25 00:29:33
  沉香树植物的核糖体DNA序列转录间隔(核rDNA ITS)的分析为沉香树的识别分子基础。核rDNA ITS用于通过PCR应用软件序列的扩增,DNAMAN经受由沉香树植物中,MEGA遗传距离的序列分析总DNA的提取的BIOEDIT序列,NJ系统K2P构造的模型系统发育树的基础。两个rDNA RNA序列进行测序,长度为615bp。
  列分析表明,沉香树的序列相似性为99.03%,遗传距离为0.003,归类为聚类分析; 2序列与相似序列毛子卫ITS 98.55%,遗传距离0.007,聚类分析归类为a。实验的结果显示,核rDNA ITS序列分析方法的基础上,有可能使植物沉香树的精确的分子识别,提供用于分子生物学的理论基础物种鉴定和沉香树的种间关系。键词:沉香树;分子鉴定,ITS序列相似CLC:S685.990.1文献代码:A文章编号:1302至02年(2015)04-0067-02接收日期:15/05/2014基金项目:支持计划四川科技(No. 2012FZ0049);富民强县四川省科技领域特别行动计划。于作者:冯源源(1970-),女,江苏淮安,博士,讲师,主要从事研究对植物生长发育和分子生物学的生理机能。
  子邮件:fyuyang_12@163.com。讯作者:赖琳,硕士,植物遗传与畜牧业教授主要从事。

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  话:(028)66772002;电子邮件:lailin127@126.com。薇是一种灌木或落叶乔木或家庭的千屈菜科的常绿,目前主要在澳大利亚的东,东南,南,北。前中国有24种沉香树属,其中4种是中国特有的[1]。多数沉香树品种有大而美丽的花儿,花期持续时间超过3 mois.Elle具有很高的观赏价值,被广泛用于园林绿化。薇少数植物被用作中药,由中国民间,沉香树(沉香树)与血液中描述,止血,消风,清热,解毒的功能,具有抗病毒流感,抗真菌作用,用于治疗产后阴道流血,洗疥螨伤口[2]; (大花沉香树Pers的)在菲律宾,大花沉香树叶用于治疗糖尿病和肾脏疾病[3],印度,小型叶紫微(小花沉香树的罗)用作止咳药和收敛剂用[4]。于在自然生长条件一些煎饼的出现最小差异,它是没有争议的是,根据鉴定的传统方法,这需要更多的证据来支持分子生物学分类[1]。
  着分子生物学在物种鉴定领域的发展,DNA条形码技术在植物鉴定中发挥了极其重要的作用。众多的条形码,内转录间隔区序列的核核糖体DNA(ITS核rDNA)被广泛用于识别,因为它的高的分辨率的被子植物和系统发育分析的物种的[5-6 ]。用RAPD遗传关系[7-8]一些研究人员,AFLP分子标记等研究番石榴品种黑纱种,但相比于RAPD,AFLP,SSR和SRAP等,利用其系统发育树,节省时间,工作和结果的好处更可靠[9]。研究中通过扩增沉香树成员片段来检测植物沉香树,ITS序列的比较分析中,主题沉香树进行分类和识别的,物种和物种,以及它们之间的亲缘关系之间默特尔研究遗传变异,沉香树是为资源识别和系统研究提供基础。

沉香树:基于ITS序列的沉香树分子鉴定_no.178

  料与方法沉香树种子的原料购自云南昆明。株EscherichiacoliDH5α储存在作者的实验室中。Pfu DNA聚合酶,Taq DNA聚合酶,所述的pBlue-T载体,T4 DNA连接酶购自购Aidlab和琼脂糖凝胶回收试剂盒购自天根购买。法沉香树种子萌发灭菌后,采用改良CTAB法提取总幼苗DNA [10]。照他的等人的方法[11]核酸序列的不同物种的遗传特征相对保守的同源性,设计沉香树ITS通用引物扩增。
  ITS-F:5-GAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGG-3 和ITS-R:5-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3,由成都锦界生物技术有限公司合成PCR扩增程序:94℃变性5 min; 94℃变性30 s,57℃退火30 s,72℃退火45 s,30次循环;延长72℃10分钟。下PCR扩增产物,连接至所述载体的pBlue-T的恢复,连接产物转化大肠杆菌DH5α感受态细胞中,基因组筛查疏散漉技术公司测序。用给定的序列编辑BIOEDIT软件,对准的序列同源性DNAMAN软件的分析和GC含量,所述(木村2参数)的遗传距离分析软件MEGA K2P,构建系统发育树的每个分支使用NJ方法的系统发生树(邻接法)信任已经使用上的总的1000个循环的自举测试,以评估每个分支的系统的显着性和可靠性测试。果和分析的样品沉香树STI沉香树用于PCR核rDNA核rDNA PCR扩增通过全DNA样品ITS序列被扩增作为模板的PCR产物通过1%琼脂糖凝胶电泳,在图1中所示的结果的样品的PCR条带核rDNA ITS序列具有大小约750 bp的,清晰的主带和一些非特异性条带的。ITS序列的分析来选择的沉香树的10个样品和ITS DNA样品的序列的长度的两个单克隆序列是721 bp的组合相同的序列后,获得具有不同的差异的两个序列。个样品爆炸ITS GenBank中的序列,以最大的序列相似性获得的序列是沉香树1(AF201689.1),与所述序列的最高序列相似2是Maozi韦(沉香树麦,AY035755.1) 。BioEdit与DNAMAN比较分析,沉香树的序列相似性为99.03%,有6个多态性位点;序列相似性毛子薇2号为98.55%,9个变异位点。长度和ITS序列的各部分的GC含量的差异示于表1中。1样品沉香树其长度序列和ITS序列长度的性质的GC含量(ITS1 + 5.8S + ITS2)的样品615的(236 + 164 + 215)64.4(67.3 + 56.1 + 67.4)沉香树(AF201689.1)618(236 + 164 + 218)63.8(66的序列,9 + 56.1 + 66.1)的2615个样本(236 + 164 + 215)序列64.4(66.9 + 56.1 + 67.9)Maozi韦(AY035755.1)618(237 + 164 + 217)63.6(65.9 + 54.8 + 67.7),使用MEGA软件沉香树分析了两种类型的样品沉香树高的序列同源性(超过90%)的遗传距离K2P沉香树序列遗传距离STI(表2)。样品1的最小距离是沉香树(0.003),随后茅资闱和绒毛沉香树(沉香树tomentasa,AF201688.1)时,距离是0.020和0.015,并且是大花沉香树沉香树毛再次,所述距离为0.053,最远距离为沉香树(Lagerstroemia speciosa)(0.058)。从越小茅资鲔(0.007),随后的0013和0.018分别沉香树沉香树和绒毛2个样品,是远远大花沉香树,大花沉香树小和L.毛。薇沉香树聚类分析样品2和ITS沉香树部分的序列的系统发育浓度外类群的ITS序列分析选择八宝(八宝)[12]和沉香树父母,在图2中呈现的结果作为可参见图。2,序列的构建ITS系统发生树,样品1和沉香树分为一组,将样品2和表之间的遗传类型遗传距离K2P的2 Maozi卫聚乙烯沉香树种内ITS的23456 7 0.035序列0.048 0.051 0.058 0.064 0.053 0.058 0.053 0.064 0.020 0.062 0.065 0.056 0.025 0.012 0.053 0.058 0.053 0.020 0.003 0.015 0.051 0.056 0.056 0.007 0.013 0.018 0.013注:1个大花沉香树; 2小班巴; 3沉香树(Lagerstroemia hirsuta); 4头发...沉香树(Lagerstroemia)沉香树(Lagerstroemia); 5; 6沉香树软玩具;样品1 7; 8样品2.对于沉香树,沉香树沉香树和课程进行分组,并沉香树,沉香树和L.毛(JX856469.1)被分组到另一个分支。
  1及其ITS序列讨论的99.03%沉香树序列相似性,遗传距离是0.003,聚类分析被归一化,使得样品可以被确定为包含沉香树ITS的序列;具有序列相似99%的载体速度的遗传距离0.007分组聚类分析的2-9855%Maozi卫ITS序列,就可以确定样品茅资位的序列。

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  一结果表明,该品种沉香树可以通过比较ITS序列和现有的沉香树沉香树ITS未知序列进行鉴定。这项研究中,默特尔其在NCBI系统发育分析序列发现,60种沉香树植物的2类进行分组,大花沉香树,大花沉香树小L.毛更密切的关系,沉香树,沉香树茅资鲔而据附近的外类群确定法,大花沉香树亲属关系,小沉香树叶,L.毛有沉香树,毛沉香树绒,绉桃金娘毛较早,最原始的L.毛的6种植物黑纱桃金娘。结果和Shi等[12]的研究结果表明ITS序列可用于研究沉香树的遗传关系。

沉香树:基于ITS序列的沉香树分子鉴定_no.362

  这项研究中,试验材料厂通过ITS沉香树批量购买种子市场与多家番石榴种子绉后表现出的种子排序掺杂茅资威,但序列差异与NCBI序列默特尔ITS ITS默特尔例子是稳定的,它也有必要收集沉香树更多的样本进行验证。
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